Apesar de serem muitos os benefícios da maçã, é preciso ficar de olho também nos possíveis malefícios. As sementes de maçã são tóxicas quando ingeridas em altas doses e devem ser evitadas por gestantes ou mulheres amamentando. Apesar das vitaminas presentes na casca, essa é a parte da maçã que mais contém agrotóxicos.